A történet elején kiderül, hogy Naruto testébe pecsételték a kilencfarkú rókadémont. Nincs se családja, se barátai. Egyetlen mentora Iruka sensei, akinek a családját a kilencfarkú ölte meg. Gyerekkorában ő sem volt kitünő tanuló ezért rosszasággal, csínytevésekkel hívta fel magára a figyelmet, mint Naruto. Elkezdődik a Chuunin vizsga. Narutoból többször is előtőr a Kyuubi ereje, ami sokat segít neki, hogy legyőzze ellenségeit.

Ez idő alatt jobban megismerhetjük a szereplők gyerekkorait. Végűl csak Shikamaru kapja meg a Chuunin rangot. A vizsga alatt feltűnik Orochimaru, aki Kazekagénak adja ki magát, Sasukéra átokpecsétet tesz és megöli a Hokagét. A veszteség megrázza a falu lakóit, viszont Konoha nem maradhat Kage nékül. A tanácsosok Jiraiyat szeretnék látni ebben a pozicióban, de a Sanin nem válalja és maga helyet Tsunadét ajánja. 

Elindul Narutoval, hogy megkeressék. Közben Naruto elsajátítja a rasengan technikát, ami segítségével leis győzi Kabutot. Tsunade legyőzi a vérrel szembeni félelmét és Narutonak ajándékozza az Első Hokage nyakláncvát. Visszatérnek a faluba és Tsunade hercegnő lesz az új Hokage. Ezekután újabb küldetést kap a Kakashi csapat. Sasuke féltékeny Naruto erejére ezért harcba is száll vele. Hangninják érkeznek a faluba, hogy magukkal vigyék Sasukét, mint Orochimaru új testét. Sakura megakarja állítani szerelmét, de a fiú hajthatalna és elhagyja a falut, hogy nagyobb erőre tegyen szert. Naruto, Shikamaru, Chouji, Kiba, Lee útnak indulnak, hogy visszahozzák Sasukét Konohába.

Útközben a hangninjákkal találják szemben magukkat, akik az átokpecsétjüknek köszönhetően nagyon erősnek bizonyúlnak. Küzdelmek sorozatát láthatjuk, miközben Naruto Sasuke után indul. Kimimaro, Orochimaru leendő teste Leevel harcol. Nem csak Leenek, de Kibának és Shikamarunak is túlerősnek bizonyúl az ellenség. Ekkor megjelenek a Homok ninjái Gaara, Kankurou és Temari, hogy segítsenek a Konohaiaknak. Segítségükkel legyőzik a a hangnunjékat. Naruto végre utoléri Sasukét, aki nem akar visszatérni a faluba. Harcba bonyolódnak, Sasuke az átokpecséterejét, Naruto pedig a Kyuubi chakráját használja a csatában. Végül Naruto veszít, de Sasuke nem tudja megölni a barátját. Kakashiék visszaviszik a sebesűlt nincjákat Konohába. Naruto megfogadja Sakurának, hogy legközelebb visszahozza Sasukét mindenáron. Ezekután kb 100 részen át csak filler részek vannak, amik nem tartoznak a mangához. Az anime végén Naruto elmegy Jiraiyaval edzeni 2-2,5 évre, majd következnek a Shippuuden részek. ^^

© NARUTO